Juist als universiteit heeft elke katholieke universiteit met de Kerk een relatie die wezenlijk is voor haar institutionele identiteit. Als zodanig neemt ze direkt deel aan het leven van de plaatselijke Kerk. Maar als academische instelling die deel uitmaakt van de internationale gemeenschap van wetenschap en onderzoek, heeft ze ook haar aandeel en inbreng in het leven van de universele Kerk. Ze onderhoudt bijgevolg een speciale band met de Heilige Stoel op grond van de dienst van eenheid die zij te vervullen heeft voor de Kerk in haar geheel. Deze wezenlijke band met de Kerk heeft onder andere als consequentie dat de universiteit als instelling trouw moet zijn aan de christelijke boodschap en dat zij op gebied van geloof en zeden het Kerkelijk leergezag erkent en er adhesie aan betuigt. De katholieke leden van de universiteit zijn op hun beurt ook geroepen tot persoonlijke trouw aan de Kerk met alles wat dit impliceert. Van de niet-katholieke leden tenslotte verwacht men respect voor het katholiek karakter van de instelling waarbinnen zij werkzaam zijn, terwijl de universiteit zelf hun godsdienstvrijheid zal respecteren. Vgl. 2e Vaticaans Concilie, Verklaring, Over de godsdienstvrijheid - Het recht van de persoon en van de gemeenschappen op sociale en burgerlijke vrijheid in godsdienstige aangelegenheden, Dignitatis Humanae (7 dec 1965), 2

Het is de bijzondere verantwoordelijkheid van de bisschoppen de katholieke universiteiten vooruit te helpen; zij dienen hen speciaal te bemoedigen en bij te staan, wanneer deze hun katholieke identiteit ten opzichte van de burgerlijke overheid willen bewaren en versterken. Dit zal des te beter lukken, naarmate universiteit en Kerkelijke overheid onderlinge nauwe, persoonlijke en pastorale contacten creeëren en instandhouden. Deze betrekkingen worden gekenmerkt door wederzijds vertrouwen, goede samenwerking en voortdurende dialoog. Ook al maken zij niet direct deel uit van de interne leiding van de universiteit, de bisschoppen "moeten niet als buitenstaanders worden beschouwd, maar eerder als echte deelnemers aan het leven van de katholieke universiteit." 

De Kerk die "de rechtmatige autonomie van de menselijke cultuur en vooral van de wetenschappen" accepteert, erkent ook de academische vrijheid van elke docent op zijn eigen vakgebied overeenkomstig de principes en methoden, eigen aan de wetenschap in kwestie 2e Vaticaans Concilie, Constitutie, Over de Kerk in de wereld van deze tijd, Gaudium et Spes (7 dec 1965), 59 maar binnen de grenzen van de waarheid en het algemeen welzijn.

Als wetenschap neemt ook de theologie op de universiteit een wettige plaats in naast de andere disciplines. Op haar terrein heeft zij haar eigen specifieke principes en methoden die haar juist tot wetenschap maken. Zodra theologen die principes volgen en ook de betreffende methode hanteren, genieten ook zij dezelfde academische vrijheid.

De bisschoppen moedigen de theologen aan creatief te werk te gaan. Deze bewijzen de Kerk een dienst, als ze hun onderzoek uitvoeren met inachtneming van de methode die de theologie eigen is. Zij proberen de betekenis van de christelijke Openbaring zoals deze door de Schriften, de Traditie en het Kerkelijke Leergezag wordt doorgegeven, beter te verstaan, verder te verklaren en doeltreffender over te dragen. Zij onderzoeken ook langs welke wegen de theologie licht kan brengen in de specifieke vragen die door de moderne cultuur gesteld worden. Aangezien de theologie de geopenbaarde waarheid tracht te verstaan waarvan de authentieke interpretatie aan de bisschoppen van de Kerk is toevertrouwd, moeten de theologen tegelijkertijd de autoriteit van de bisschoppen respecteren en de katholieke leer aanhangen overeenkomstig de graad van gezag waarmee deze uiteengezet wordt. Vgl. 2e Vaticaans Concilie, Constitutie, Over de Kerk, Lumen Gentium (21 nov 1964), 25 Dit is een wezenlijk onderdeel van de specifieke principes en de specifieke onderzoeks- en onderwijsbeginselen en methoden, eigen aan hun academische vakgebied. Vanwege de onderscheiden posities in de relatie die zij met elkaar hebben, is de dialoog tussen bisschoppen en theologen van wezenlijk belang. Dit is momenteel bijzonder het geval, nu de onderzoeksresultaten via de sociale communicatiemiddelen zo snel en zo uitvoerig in de publiciteit komen. Vgl. Congregatie voor de Geloofsleer, Instructie over de Kerkelijke Roeping van de Theoloog, Donum Veritatis (24 mei 1990)